По умолчанию, Netbeans будет игнорировать файлы, такие как файлы CVS, SVN, точка файл и т.д. Если вы хотите, чтобы ваш .htaccess файл отображается в ваших проектах или при просмотре файлов, нужно сделать:
Открыть Tools->Options->Miscellaneous->Files и изменить поле Ingnored Files Pattern на следующее:
^(\.svn|CVS|SCCS|vssver.?\.scc|#.*#|%.*%|_svn)$|~$|^\.(?!(htaccess)$)*
Это поле принимает регулярные строковое выражение, которое позволяет скрывать файлы и папки.